Francis X. Clooney közel húsz könyv szerzője, amelyek a legnagyobb tudományos kiadók gondozásában jelentek meg. Műveiben keresztény kommentárokat készít szanszkrit és tamil nyelvű hindu vallási szövegekhez, s azt vizsgálja, milyen elméleti és gyakorlati következményei vannak vallási hagyományok párhuzamos tanulmányozásának. Komparatív teológiának nevezett programja a vallási szövegek együttes olvasásából fakadó szellemi és spirituális átalakulást helyezi a középpontba.